为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小同伴继续修业之旅这次他们分开了美丽的山中小镇艾茵多奥克参与神奇宝贝的竞赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力气的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 

早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子区分带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发作争斗，令国度解体在即。老国王借助比克提尼的力气暂时坚决住了龙脉，而大地之乡则从此开放。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决议重建丧失已久的故土……