愁云惨淡的明治时代，曾遭到新政府运用和背叛的志志雄真实（池田政典配音）从天堂活转，而今他的阴影掩盖在和闰年代的上空。似乎与此同时，绯村剑心（凉风真世配音）以及同伴们皆明了志志雄的真正目的，即运用京都大火的混乱进军大阪。以此为契机，剑心、斋藤、相乐左之助分头向大阪挺进，而薰、弥彦、比谷清十郎以及京都御庭番众则留守警戒，随时迎接志志雄爪牙的入侵。濑田宗次郎、破军、四乃森苍紫等绝世高手相继退场，与原作大相径庭的经典对决，渐次拉开序幕……本片依据和月伸宏的同名漫画改编，为动画版上映15周年纪念作。