炼金术，一种树立在等价交流准绳基础上的迷信，将物质中止了解、分解、再结构，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能中止人体炼成，这是炼金术相对的忌讳。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵配音）兄弟，由于对母亲极大的思念不惜冒犯忌讳。而最终的代价却是，爱德华失掉了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依托在一副庞大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢恢复状，寻求更多的炼金术知识，成为国度炼金术师踏上了寻觅终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不时的探求中，两兄弟终于发现了贤者之石面前的真相，对身处的这个军事化国度也有了更深化的了解。此时，面对国度、民族、家庭……炼金术的未来终究在何处。